So unklar wie die Entstehung des Dorfes Grüntal ist auch die der Pfarrei St.Johannes: Einer Sage zufolge vom mittelalterlichen Ortsadel, den "Herren von Grüntal" errichtet, findet sich eine Johanneskapelle erst in der Erhebung Grüntals zur eigenen Pfarrei, zu der auch Wittlensweiler, Aach und Hallwangen gehörten. 1583 reichte die kleine  errichtete Kapelle nicht mehr aus, weshalb Herzog Ludwig von Württemberg einen Neubau genehmigte und teilweise auch finanzierte. Zunächst begann der herzogliche Baumeister Georg Beer 1592 mit den Baumaßnahmen, übergab aber bald die Planung und Leitung an seinen Mitarbeiter Heinrich Schickhardt, der später als genialer Baumeister und Städteplaner Berühmtheit erlangen sollte. Schickhardt plante und baute u.a. die ganze Stadt samt Kirche und öffentlichen Gebäuden von Freudenstadt, die Stiftskirche in Herrenberg, die erste evangelische Kirche Frankreichs in Mömpelgard (Montbéliard). Unsere schöne Johanneskirche ist mit ihren Wandfresken im Chorraum und den Apostel-Gemälden an der Westempore ein Schmuckstück, das aus der Umgebung heraussticht. Sie bietet, ohne zusätzliche Bestuhlung, 300 Personen einen Sitzplatz und kann durch zusätzliche Bestuhlung auf 350 Sitzplätze erweitert werden.

Der 400. Geburtstag der Johanneskirche wurde 1992 mit Gottesdiensten, Konzerten, Gemeindefest, einer Ausstellung und einem geschichtlichen Vortrag durch die Kirchengemeinde Grüntal - Frutenhof - Musbach gebührend gefeiert. Höhepunkt war am Jubiläumsfeiertag  der Festgottesdienst am 24. Mai 1992 mit Gemeindefest und liturgischem Abendgebet. Auch eine Festschrift wurde herausgegeben, die über die Geschichte der Kirche und das Gemeindeleben berichtet.